厦门市环境监测中心站原名为厦门市环境监测站，始建于1978年， 2003年，中国环境监测总站在我站设立中国环境监测总站台湾海峡近岸海域监测分站。2004年7月根据厦委编[2004]42号文精神，为了更好整合资源、发挥我市环境监测机构的功能，将同安环境监测站、市农业环境监测站并入厦门市环境监测中心站。
　　厦门市环境监测中心站的主要职能是对全市环境质量包括水和废水、降水、海水、空气、废气、土壤、沉积物、生物群、固体废物、机动车尾气、声学及振动、燃料、光学与辐射等环境要素进行监测；定期向同级环境保护主管部门和上级监测站呈报本市环境质量现状；为污染源的监督管理与执法提供监测数据；开展社会服务性监测；建立辖区内应急监测网，为辖区内污染事故处理和污染纠纷仲裁提供监测数据；开展环境监测科研工作，进行环境测试新技术、新方法的研究，参加地方标准的制定和其他环境科学研究。

　　建站二十多年来，在上级环境保护主管部门和市各有关部门的关心支持下，仪器设备和测试能力逐年提高，现拥有实验场所3000m2，各种先进的仪器装备总值达3000多万元，配备包括环境空气自动监测系统、电感耦合等离子质谱仪、原子吸收、气质联机、离子色谱、气相色谱、定硫仪、流动注射分析仪和总有机碳等较为齐全的环境监测大型精密分析仪器。1998年成为全国第二个实现空气质量日报的重点城市，2001年又实现环境空气质量预报。1999年经国务院有关部门批准，正式代表我国参与东亚酸沉降监测网，并参与了中日韩三国污染物远距离输送等项目研究，成为环保国际合作交流的一个窗口。近两年来我站还从国外引进大气应急监测车、水质自动站、海洋监测浮标等设备，提高了应急监测和海洋环境监测的能力。在人才方面，我站拥有一批高学历、高水平的监测骨干队伍。中心站编制84名，大专以上学历超过 80 % ，其中博士1人、硕士８人；高中级以上职称35 人，高级工程师12人、工程师23 人。

　　二十多年的监测科研实践，大大提高了我站的监测技术能力，建立了一套完整的质量管理体系。在历次中国环境监测总站，海洋网的各项考核中，我站均获得优异的成绩。多次获得上级有关部门的表彰，曾荣获省环境监测优秀站、省环境监测优质实验室、国家环境监测优质实验室、全国环保系统先进监测站等称号。1995年还荣获国家劳动人事部、国家环保局授予的全国环境保护系统先进集体。

　　几年来，在完成各类监测任务的同时，我站积极参与环保科技项目的研究和开发，其中包括参与了国家七五、八五环保重点科技攻关项目，员当湖综合整治等科研课题，曾获省市科技进步成果奖十多项，2003年又荣获省科技进步成果三等奖一项。目前我站是厦门大学海洋环境学院、化学与化工学院、集美大学等大专院校的实习基地。

　　2004年4月顺利通过了“中国实验室国家认可”，获得认可的技术能力遍及化学、生物、声学及振动、燃料、光学与辐射等5个领域共195个项目，成为福建省环境保护系统首个通过认可的单位。

　　厦门市环境监测中心站秉持“科学、严谨、公正、高效”的质量方针，在“三个代表”思想指引下，坚持科学发展观，努力建设与国际接轨，创国内一流，现代化监测站，做好本职工作，为厦门的海湾型生态城市建设贡献一份力量。